1999年党委书记为孙培新，校长王文金。

1999年，学校毕业学生7532人，其中硕土研究生112人，全日制本科生1378人；招收新生7049人，其中博士研究生6人，硕土研究生169人，全日制本科生3137人。截至年底，学校设有14个学院和5个单列系，53个本科专业和36个博士、硕士学位授予点。全校教职工2680人，其中中科院院士1人，教授153人，副教授388人。各类学生17681人，其中研究生444人，全日制本科生9280人，专科生536人。

1月，经河南省教委评审，苗长虹等11位教授被确定为河南省普通高校第三批优秀中青年骨干教师。经学校批准，现代光学等5个实验室为第二批校级重点实验室。

2月，河南省省长李克强，来校慰问教职工生，同学校党政班子、各院系、机关各部处负责同志、民主党派代表及部分专家、学科带头人座谈。李克强表示，河南大学有悠久的历史和优良的小风，应该办好河南大学。当月，学校新增测控技术与仪器、舞蹈编导、建筑学3个本科专业。刘增杰、刘思谦、解志熙、关爱和、吴福辉、张今、吴雪莉、刘炳善、徐盛桓、王宝童等被选聘为中国现当代文学和英语语言文学专业博士生导师。

4月，校党委发文通知，撤销外语学院现有建制，组建新的外语学院、公共外语教学部。新的外语学院下设外语一系、外语二系、外国文学研究所、《中学英语园地》编辑部。；撤销经济贸易学院现有编制和管理科学系，组建新的经济贸易学院、管理学院，保留政治系。

5月，首届全国大学生篮球联赛（CUBA）女子四强赛在河南大学举行，河南大学、天津财经学院、广西大学和武汉冶金科技大学的女子篮球代表对参加了比赛，中央电视台作了现场支部。经过激烈争夺，河南大学女篮获得决赛权，获得首场胜利，后转战天津，在加时赛中失利，获得亚军。9日，全校师生在大礼堂集会，愤怒声讨以美国为首的北约野蛮轰炸我驻南斯拉夫大使馆，沉痛悼念遇难烈士。11日，5000余名师生有组织地走上街头举行游行示威，抗议以美国为首的北约野蛮轰炸我驻南斯拉夫试管，坚决拥护我国政府的严正立场。

 

1999年5月8日，校女子篮球队在天津财院获CUBA全国大学生篮球四强赛亚军。

6月，“侯镜如奖学金”在河南大学设立。侯镜如先生是河南大学著名校友，1917—1923年就读于河南留学欧美预备学校，是我国著名军事家、革命活动家，曾任全国政协副主席、国民党革命委员会主席等职。其子侯伯文先生在香港成立了“侯镜如助学基金会”，在其父母校——河南大学设立了奖学金，从1999年9月起，每年奖励40名优秀研究生。

 

1999年6月3日，学校设立“侯镜如奖学金”。侯镜如是河大早期的著名校友，原全国政协副主席。此奖学金连续20年每年提供4.5万元的经费，从1999年9月起，每年奖励40名努力学习、品学兼优的研究生。

 

7月，校党委下发文件，撤销教育系，成立教育科学学院；撤销体育学院公共体育教研部，成立新的公共体育教研部。

10月，位于小礼堂西侧的清代贡院最后三排号房被拆除。至此，中国封建社会延续1000多年的科举考试的最后举办地，除了两座石碑作为见证外，仅留下了遗址。

12月，在全国上下欢庆澳门回归、迎接新千年来临的喜庆日子里，学校召开了“河南大学与新闻单位迎接新世纪座谈会”。31日夜，为迎接新世纪、新千年的到来，校团委在东操场组织了6000余人参加的“奔向新世纪”大型篝火晚会。校党委书记孙培新发表了充满激情的致辞，校长王文进点燃了象征河大精神的火炬。

 

1999年12月31日，为迎接新世纪、新千年的到来，增强广大青年学生的历史使命感，校团委在东操场组织了有6000余人参加“奔向新世纪”大型篝火晚会。