2000年党委书记为孙培新，校长王文金。

2000年，河南大学与开封医学高等专科学校、开封师范高等专开学校合并，组建了新的河南大学。但当年的招生与毕业生就业工作仍分别单独进行。中心校区（原河南大学）共毕业学生8595人，其中硕土研究生135人，全日制本科生1605人。学校招收新生7721人，其中博土研究生10人，硕士研究生235人，全日制本、专科生4312人，中高等教育一体化实验班学生201人，成人教育学生2963人。截至2000年底，设有2个博士学位授予点和34个硕士学位授予点。全校在岗教职工3534人（不含附属淮河医院906人，附属东京医院385人），其中中科院院士3人，教授159人，副教授626人；各类学生28400余人，其中研究生554人，全日制本科生10999人，专科生5818人，外国留学而生130人，成人教育学生10947人。

1月，全国大学生篮球联赛（CUBA）东北赛区女子组冠军争夺战鸣金，河南大学以60:51战胜中国人民大学对，荣获赛区冠军，再次跻身CUBA女子四强之列。

3月，李克强省长来校视察，在小礼堂与学校全体领导、各院系、各部处负责人、部分学科带头人进行座谈。李克强指出，河南大学要增加在校生数量，为河南未来经济发展培养更多优秀人才。省财政要重点支持郑大和河大的建设，形成制高点。3月，河南大学女子篮球队以86:67击败中南政法学院队，进入决赛，后负于中国矿业大学队，屈居亚军。

5月，河南省第十一届大学生田径运动会在河南大学举行。副省长陈全国、省教育厅厅长王日新等出席开幕式。在本届比赛中，河南大学田径队获得乙组和丙组两个团体总分第一名，并获得最佳组织奖。当月，学校颁布《关于实施河南大学特聘教授岗位制度的意见》，决定首批20个学科设立校级特聘教授岗位。学校新增信息与计算科学、地理信息系统、公共事业管理、表演、雕塑、摄影6个本科专业。

7月10日，中共河南省委、省人民政府在省人民会堂隆重举行新河南大学和新郑州大学成立大会，原河南大学、开封医专、开封师专合并组建新的河南大学。省委书记马忠臣、省长李克强为新河南大学揭牌。

2000年7月10日，原开封医专、开封师专并入河大，组成了新的河南大学，至此，原有的九大学科再添医学学科，使河大成为全省学科门类最为齐全的高校。省委省政府于10日上午在省人民会场为新河南大学和新郑州大学举行了隆重的成立大会。

9月，河南大学举行新世纪第一届新生开学典礼。本科成绩高考成绩前20名（文、理科各10名）的新生，受到了学校的重奖，其中一等奖5000元，二等奖4000元，三等奖2000元。当月，中国现当代文学、高分子化学与物理、人文地理学3个学科首批设置河南省特聘教授岗位。

11月，河南大学近代建筑区，作为近代建筑的典范，以其较高的历史和建筑艺术价值，被确定为河南省第三批重点保护文物，成为全省高校中第一处“省宝”古迹。