邓拓在河南大学度过的三年，是他在学术上收获比较显著的三年。他勤研苦读，写出第一本专著和若干篇引人注目的学术论文。可以说，邓拓后期展现出的高深学术造诣和忠贞不渝的革命信仰，与他在河南大学学习生活的经历密不可分。就学期间，邓拓共出版、发表了一本专著和近十篇论文。1935年，邓拓以邓云特的笔名，在《中山文化教育馆季刊》四卷一期上发表了《近代资本主义发展的曲折过程》一文。当时有人认为:“鸦片战争以后，由于外力的作用，中国已从封建主义进入了资本主义”、“中国资本主义的发展不是内在的，而是外铄的。”邓拓则反驳说:“外因虽对社会发展起重大作用，但起决定作用的却是内因。”他分析了鸦片战争后中国社会形势和中国近代社会发展状况，指出“外铄论”只能将中国变成帝国主义的原料基地和商品市场，使中国沦落为半殖民地半封建社会，而不会发展为资本主义社会。邓拓还在文中指出了中国社会的发展趋向：“我们现在还可以进一步相信，所谓新的产业革命，绝不会是资本主义的，而必然是社会主义的。因为旧中国的命运，已经昭示了资本主义的‘此路不通’。” 1935年到1936年间，他在《中山文化教育馆季刊》第三、四期上连续发表了《论中国封建社会“长期”停滞的问题》、《再论中国封建制度的“停滞”问题》两篇文章，就中国社会性质问题同严灵峰等展开论战。他认为，中国“从西周到清代鸦片战争以前，在这一长时期中，都是封建制度的历史”。1936年，邓拓用文言文写成的《中国救荒史》一书脱稿，这部25万字的著作，是国内首部从社会经济学角度研究中国历代灾荒的实况和救治理论政策的专著。此书1935年开始写作，当时黄河、长江同时于秋季泛滥，中原、江南沦为泽国，灾民流离失所，背井离乡。邓拓在这一背景下结合自己的研究课题著成此书。据邓拓的侄子邓应增回忆，邓拓写这部书时“前前后后，我父亲和我都忙了一阵，还另请几位同学利用暑假帮忙整理资料，登入卡片以及誊写抄正”。在这部书中，邓拓指出:“所谓‘灾荒’乃是自然界的破坏力对人类生活的打击超过了人类的抵抗力而引起的损害；而在阶级社会里，灾荒基本上是由于人和人的社会关系失调而引起的人对于自然条件控制的失败所招致的社会物质生活上的损害和破坏。”这部著作1937年由上海商务印书局列入中国历史研究名著丛书出版，并很快被译成日文出版，深得国内外学术界重视。邓拓这本诞生在学生时代的专著，70多年后被母校列入“百年河大国学丛书”（旧著新刊）之一，并于2010年9月再版。

邓拓的这一系列社会科学论文和著作，均是针对当时中国社会各种问题和各种思潮，用马克思主义的观点和方法进行分析批判。同时，邓拓此时的创作活动已经显示出了很强的针对性和时效性。可以说，邓拓在河南大学的三年，为他以后的杂文创作打下了良好的基础。这时的邓拓，虽然暂时与党组织失去了联系，却不忘利用一切机会向群众介绍党的进步主张。他在经济系攻读学业之余，利用课余时间到济汴中学、西北中学任公民、历史等课教师。他的平易近人、博学多才赢得了很多进步学生的爱戴。“一二·九”运动爆发后，各地学生纷纷以游行示威等形式支持北平学生。1936年，在邓拓等同学的积极串联下，河南大学很多进步学生纷纷加入到“民先”（中华民族解放先锋队）活动中，邓拓被推举为“民先”开封支队总支队长，砖桥街三号(邓大哥邓伯禹住宅)也成为了开封市“民先”大队部地址。“民先”成立后即领导开封大、中学进步学生开展爱国斗争，河南大学的抗日救亡运动达到了一个新的高潮。邓拓经常深入各学校，参加青年学生的读书会、座谈会，为大家讲解时事，分析全国救亡运动的形势，并以中国近代历史上的先辈为维护民族独立和国家主权英勇斗争的史实，启发和鼓舞同学们积极参加抗日救亡斗争。邓拓以其渊博的知识、强烈的感染力，很快赢得了青年学生的尊敬，在开封青年学生中享有极高的威信。同年，中共北方局鉴于开封地下党组织被严重破坏的情况，派刘子厚到开封联系工作。刘子厚一到开封，地下党员就向他介绍了邓拓。在邓拓和刘子厚的共同努力下，开封“民先”与北平“民先”取得了直接联系，邓拓协助刘子厚奔走往来，做了大量工作。经过考察和了解，党组织决定恢复邓拓的组织关系，并准备派他到苏北地区工作。由于军统特务“蓝衣社”觉察到刘子厚等人的活动，开始在各校搜查。邓拓发现这些情况后，和大哥邓伯禹、大嫂郑中硕商量，掩护刘子厚离开开封，将其护送到北平。邓拓在开封的一系列活动引起了“蓝衣社”的注意。1937年6月下旬，邓拓考完最后一门功课走出河大七号楼北门时，被埋伏在此的特务逮捕。这成为共产党员邓拓的第二次入狱。当时，全国抗战形势风起云涌，人民的抗战热情日益高涨，国共合作已成定局，中共也利用此时的革命形势要求国民党释放“政治犯”。邓拓的大嫂郑中硕是开封市有名的妇产科医生，认识不少社会名流，在她的积极活动下，1937年7月，邓拓被捕不到一个月就被释放。此后，邓拓离开开封辗转来到敌后革命根据地山西五台山，继续开展革命活动。